ต่อมาก็เป็นยุคของฝรั่งเศส นักเผยแผ่ศาสนาสาขาต่างประเทศจากนครปารีส ได้เข้ามาในประเทศในปี ค.ศ. 1660 จึงได้สร้างโรงเรียน theology ในห้าปีต่อมา เป็นโรงเรียนชายล้วน โดยอยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์ นอกจากนั้นยังได้สร้างโรงเรียนเล็กสำหรับ Christians โรงเรียนนี้เรียกว่า General College. เป็นโรงเรียนแรกของ Catholic ในประเทศไทย
ต่อมาได้เปิดโรงเรียนสาขาขึ้นพร้อมกับโบสถ์ เช่น
ที่ ภูเก็ต ในปี ค.ศ. 1671
ที่ ลพบุรี ในปี ค.ศ. 1673
ที่ กรุงเทพฯ ในปี ค.ศ. 1674
ที่ พิษณุโลก ในปี ค.ศ. 1675
ที่ ชลบุรี ในปี ค.ศ. 1707
โรงเรียน คาทอลิกแห่งแรก โรงเรียน(สามัญ) ได้สร้างชื่อเสียงอย่างมากในยุคอยุธยา ขนาดนักเรียนประถมยังสามารถจะเข้าใจภาษาลาตินได้เป็นอย่างดี นอกจากนั้นยังมีนักเรียนคนหนึ่งได้ไปทำ ดร.ดีกรี และ สอบวิทยานิพนธ์ที่นครปารีส เหตุการณ์ครั้งนั้น ทำให้ชาวปารีส และ นักการศาสนาทึ้งในความเป็นอัจฉริยะของคนไทยมากทีเดียว
ประเทศไทยได้สถาปณา กรุงเทพฯขึ้น เป็นราชธานี ในปี 1767 นักสอนศาสนาชาวฝรั่งเศส ได้กลับคืนมามีบทบาทในการให้การศึกษาในเมืองหลวงแห่งใหม่นี้มากขึ้น จากการบันทึกของนักสอนศาสนาในช่วงนี้ เราได้พบว่า โรงเรียนแห่งใหม่ได้ถูกเปิดขึ้น ใน ปี 1796 ที่ Santa Cruz; ในปี 1772 ที่ Czlvary Charch; ในปี 1785 ที่ assumption parish; ในปี 1834 ที่ St.Francis Xavier parish, สามเสน
จากผลการรายงานประจำปี ของ นักเผยแผ่ศาสนาคาทอลิก ในปี 1908 เราพบว่ามีโรงเรียนคาทอลิกถึงห้าสิบโรงเรียน พร้อมกันนักเรียนจำนวนเกือบ สี่พันคน ในประเทศไทย
จากการประชุมครั้งใหญ่ของโรงเรียนคาทอลิกในปี 1979 นักการศึกษาของคาทอลิก ได้ทำการแก้ไข วัตถุประสงค์เบื้องต้นของการศึกษาในโรงเรียนคาทอลิกแห่งประเทศไทย โดยได้ยึดวัตถุประสงค์ที่มีการตกลงพร้อมกันใน ปี1969 เป็นหลัก มีหลักการว่าต้องพัฒนาศักยภาพของคนตามหลักการสอนศาสนาคริสต์
จากเหตุผลที่ว่าต้องพัฒนาศักยภาพของ โรงเรียนไทยคาทอลิก ได้เปิดให้มีการเรียนการสอน ทั้งที่เป็นคาทอลิก และ ไม่เป็นคาทอลิก ทำให้เกิดการพัฒนาในด้านความคิดและการตัดสินใจ นักเรียนแต่ละคนมีสิทธิ์ที่จะนับถือ และเชื่อในศาสนาที่ตนเลือก นักเรียนที่เป็นคาทอลิกก็จะมีความเชื่อในพระเจ้า นักเรียนที่ไม่ใช่คาทอลิก ก็จะปฏิบัติตามศาสนาที่ตนนับถือ
และทั้งสองต่างก็มีศีลธรรมอยู่ในจิตใจที่จะอยู่รวมกันได้ อย่างมีความสุข และทั้งสองฝ่ายจะช่วยกันทำให้ความเชื่อ ของแต่ละฝ่ายสมบูรณ์ขี้น การจะพัฒนาจิตวิญญาญ ของแต่ละคนอยูที่ความเชื่อถือ และสังคม ของแต่ละบุคคล โดยทั้งที่เป็นคาทอลิก และไม่เป็นคาทอลิกต่างก็มีสิทธิ์ที่จะพัฒนาคุณธรรม และศีลธรรมให้เกิดขี้นแก่ตัวเองได้เท่าเทียมกัน
จุดประสงค์อันนี้ แสดงให้เห็นถึงความมีใจกว้าง และความมีเมตตาของชาวคาทอลิก โรงเรียนของคาทอลิกทุกคน ควรจะมีวัตถุประสงค์เบื้อต้นนี้ ก่อนที่จะทำให้วัตถุประสงค์หลักอื่นๆสำเร็จต่อไป
