คณะภคินีพระหฤทัยของพระเยซูเจ้าแห่งกรุงเทพฯ อยู่ภายใต้สิทธิอำนาจของประมุขอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ เป็นคณะที่มีกำเนิดในอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ ในราวช่วงรอยต่อของศตวรรษที่ 19-20 โดยคุณพ่อ อาลอยซีอุส อัลฟองส์ ดอนต์ (หรือเรียกสั้น ๆ ว่า “คุณพ่อปีโอ”) ซึ่งเป็นพระสงฆ์แห่งคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส เชื้อสายเบลเยี่ยม และเป็นเจ้าอาวาสวัดเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์ สามเสน ได้ริเริ่มตั้งคณะนี้ขึ้นเพื่อเป็นการตอบสนองความต้องการของพระศาสนจักรในประเทศไทย โดยมีจุดมุ่งหมายที่จะให้เป็นผู้ช่วยเหลือกิจการของวัด แต่เดิมคนทั่วไปเรียกคณะนี้ว่า “คณะภคินีรักไม้กางเขน” ตามที่เคยเรียกกลุ่มสตรีใจศรัทธาที่เคยมีมาแต่เดิมแล้วล้มเลิกไป หรือเรียกสั้นๆว่า “ภคินีสามเสน” ตามสถานที่ตั้งของอาราม ภายหลังอารามถูกย้ายมาตั้งอยู่ที่คลองเตย และในปี ค.ศ. 1957 (พ.ศ.2500) คณะได้รับการประกาศรับรองอย่างเป็นทางการว่าโดย ฯพณฯ พระสังฆราชหลุยส์ โชแรง ว่าเป็นคณะนักบวชที่ถูกต้องของพระศาสนจักรและมอบนามแก่คณะว่า “คณะภคินีพระหฤทัยแห่งกรุงเทพฯ” ตามความประสงค์ดั้งเดิมของคุณพ่อด็อนต์ และชื่อนี้ได้รับการเปลี่ยนให้ชัดเจนขึ้นในการประชุมสมัชชาใหญ่ของคณะปี
ค.ศ. 1990 เป็น “คณะภคินีพระหฤทัยของพระเยซูเจ้าแห่งกรุงเทพฯ” อันเป็นชื่อทางการที่ใช้อยู่ในปัจจุบัน
กล่าวถึงความต้องการของพระศาสนจักรแห่งประเทศไทยในสมัยนั้น ซึ่งเกี่ยวพันกับความเป็นมาของคณะนี้ เนื่องจากประเทศไทยเป็นประเทศมิสซัง และมีเพียงมิสซังเดียวคือมิสซังสยามหรือมิสซังไทย เป็นมิสซังแรกที่คณะสงฆ์มิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสมาทำการเผยแผ่พระศาสนา และตั้งเป็นศูนย์กลางการเผยแผ่พระศาสนาของคณะในภาคพื้นเอเชียอาคเนย์ นโยบายในระยะแรก ๆ ของการเผยแผ่พระศาสนาในประเทศไทยมุ่งที่จะสร้างวัดและโรงเรียนควบคู่กันไป เพื่อช่วยให้เด็กได้รับการศึกษา อย่างน้อยสามารถที่จะอ่านออกเขียนได้ คิดเลขเป็น และเป็นโอกาสอันดีที่แทรกพระธรรมคำสอนให้แก่เด็กทั้งต่างศาสนาและคาทอลิกที่เรียนในโรงเรียนของวัด ดั้งนั้นประมุขมิสซังสยามในสมัยแรก ๆ ได้พยายามจัดตั้งคณะภคินีรักไม้กางเขนขึ้น เพื่อที่จะรับใช้พระเป็นเจ้าโดยทำงานให้วัด สอนคำสอน อบรมดูแลเด็กในวัดและโรงเรียน แต่เมื่อสิ้นบุญของผู้ริเริ่ม กิจการนี้ก็ล้มเลิกไป ยกเว้นที่จันทบุรีแห่งเดียว ซึ่งต่อมาเป็นคณะรักกางเขน ณ จันทบุรี และเจริญก้าวหน้าขึ้นเป็ นลำดับจนถึงปัจจุบัน
เมื่อคุณพ่อด็อนต์ มาเป็นเจ้าอาวาสวัดเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์ สามเสน ในปี 1871 ท่านได้ยินพระสงฆ์บ่นถึงการขา ดแคลนครูสอนเด็กเล็กในโรงเรียนของวัด และท่านสังเกตว่าในหมู่คาทอลิก มีหลายคนยินดีถวายบุตรของตนทำงานของพระ แต่ไม่ทราบว่าจะส่งบุตรหลานของตนไปฝึกอบรมที่ไหน เพราะไม่มีสถานอบรม ขณะเดียวกันในบริเวณวัดเซนต์ ฟรังซิสเซเวียร์ สามเสนนั้นเอง มีเรือนไม้หลังหนึ่ง เป็นที่อาศัยของบรรดาสตรีใจศรัทธาผู้สูงอายุ ซึ่งอยู่กันตามลำพัง ไม่มีผู้ใดรับผิดชอบ
ในปี 1897 โดยความเห็นชอบของ ฯพณฯ พระสังฆราช หลุยส์ เวย์ คุณพ่อได้รื้อฟื้นอารามภคินีรักไม้กางเขนเก่า ที่สามเสนและสร้างเพิ่มเติม โดยทุนทรัพย์ส่วนตัวของท่านเองแล้วจัดตั้งกลุ่มสตรีใจศรัทธาขึ้นกลุ่มหนึ่งซึ่งมีจำนวน 12 ท่าน ประกอบด้วย สตรีใจศรัทธาจากกลุ่มเดิม 6 ท่าน ผู้สมัครใหม่อีก 6 ท่านได้พยายามให้การอบรมและเอาใจใส่ดูแล โดยมีจุดมุ่งหมายให้เป็น ภคินีที่ดำเนินชีวิตอย่างศักดิ์สิทธิ์และยินดีที่จะอุทิศตนทำงานช่วยพระสงฆ์ตามวัด ทั้งในด้านการสอนเด็กในโรงเรียนของวัด การสอนคำสอนแ ละทำงานแม่บ้านสำหรับวัด เพื่อให้กิจการนี้เป็นปึกแผ่นมั่นคง ท่านได้เชิญภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร มาเป็นผู้ช่วยท่านในการอบรมแนะนำผู้สมั ครใหม่อย่างใกล้ชิดในทุกๆด้าน ตั้งแต่เริ่มแรก เป็นต้น ด้านชีวิตนักบวช ดังนั้น ในวันที่ 9 กรกฎาคม ค.ศ.1900 (พ.ศ.2443) จึงถือเป็นวันเริ่มต้ นของคณะ เพราะเป็นวันที่เซอร์ฮังเรียต และเซอร์ยุสติน แห่งคณะเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร มาอยู่ช่วยเหลือผู้สมัครของคณะใหม่นี้ นับตั้งแต่นั้นเ ป็นต้นมา จนกระทั่งถึง ค.ศ. 1951 (พ.ศ. 2494) เซอร์คณะเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร ได้ผลัดเปลี่ยนกันมาอยู่ช่วยคณะอย่างไม่ขาดระยะ
คุณแม่เซราฟิน เดอ มารี เดินทางมาถึงเมืองไทยในปี ค.ศ. 1898 และได้ประจำอยู่ที่โรงพยาบาลเซนต์หลุยส์เป็ นเวลา 2 ปี จากนั้นจึงมาอยู่มาอยู่กับคณะ ในปี ค.ศ.1903 (พ.ศ. 2466) ท่านก็ทำหน้าที่อธิการิณีแทนเซอร์ฮังเรียต ซึ่งต้องกลับไปไซง่อน เพราะสุขภาพไม่แข็งแรง
ปี ค.ศ. 1909 (พ.ศ. 2452) ซึ่งเป็นสมัยของ ฯพณฯ พระสังฆราช เรอเน แปร์รอส ภคินีได้เริ่มออกปฏิบัติงานแห่งแรกที่วัดเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์ สามเสน โดยเป็นครูสอนเด็กเล็กๆในโรงเรียนของวัด ซึ่งมีชื่อว่า “โรงเรียนนักบุญเทเรซา”
ปี ค.ศ. 1916 (พ.ศ. 2459) คุณพ่อด็อนต์ ป่วยหนัก และถึงแก่มรณภาพเมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน ค.ศ. 1916 ขณะนั้น มีสมาชิกทั้งหม ด 35 ท่าน ออกไปปฏิบัติงานตามวัด 12 ท่าน และในปี ค.ศ. 1917 (พ.ศ. 2460) คุณพ่อบรัวซาต์ได้มาเป็นเจ้าอาวาสวัดเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์ สามเสน และทำหน้าที่ปกครองคณะต่อจากคุณพ่อด็อนต์
ต่อมาปี ค.ศ. 1924 ฯพณฯพระสังฆราช เรอเน แปร์รอส ประกาศยุบนวกสถานเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์ และให้ชื่อใหม่ว่า “นวกสถานอารามพระหฤทัย” แทน แต่ยังตั้งอยู่ที่สามเสนชั่วคราวจนกว่าจะหาสถานที่ใหม่ คุณแม่เซราฟิน เดอ มารี ได้รับแต่งตั้งเป็นอธิการิณีโดยสมบูรณ์ ไม่ขึ้ นแก่คุณพ่อเจ้าอาวาสวัดสามเสน แต่มีหน้าที่ปกครองคณะโดยตรงภายใต้คำแนะนำของ ฯพณฯ พระสังฆราช เรอเน แปร์รอส พระคุณเจ้าได้ยก ฐานะของคณะภคินีรักไม้กางเขนของอารามเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์(วัดสามเสน) เป็น คณะภคินีรักไม้กางเขน ของ อารามพระหฤทัย ของสังฆมณฑลกรุงเทพฯ โดยให้ คุณพ่อแปรูดง ซึ่งเป็นคุณพ่อปลัดในขณะนั้น เป็นพระสงฆ์วิญญาณารักษณ์องค์แรกของคณะ
ในวันที่ 25 กันยายน 1926 ซึ่งเป็นวันฉลองครบรอบ 25 ปี ของอารามพระหฤทัยสามเสน ขณะเดียวกันได้จัดเฉลิมฉลอง 25 ปีของภคินี รุ่นแรก 6 คนของอารามด้วย ขณะนั้นมีนักบวชที่ถวายตัวและนวกเณรี 100 กว่ารูป ในปีนี้ คุณพ่อบรัวซาต์ได้ย้ายไปจากอาราม
ปี ค.ศ. 1927 (พ.ศ. 2470) ได้มีการจัดพิมพ์ร่างพระวินัยของคณะขึ้นเป็นภาษาวัด คือเป็นภาษาไ ทยแต่ใช้ตัวอักษรโรมัน ซึ่งคุณแม่เซราฟินและคุณพ่อแปรูดงจิตตาธิการของคณะได้ร่วมกันร่างขึ้นตั้งแต่ ค.ศ. 1924 และทดลองใช้ตามคำแนะนำของพระคุณเจ้าแปร์รอสเป็นเวลา 2 ปี แล้วจึงส่งให้พระคุณเจ้าแปร์ รอส ตรวจพิจารณาจนได้รับอนุมัติให้พิมพ์แจกจ่ายแก่สมาชิกของคณะ ณ วันที่ 8 พฤษภาคม ค.ศ. 1927 จึงใช้ธรรมวินัยฉบับนี้เป็นคู่มือในการอบรมและถือปฏิบัติในการดำเนินชีวิต แต่ว่ายังไม่ได้รับอนุมัติเป็นทางการจากสันตะสำนัก
ปี ค.ศ. 1930 (พ.ศ. 2473) พระคุณเจ้าโคลัมบัน มารีย์ เดรเยร์ (Colomban Marie Dreyer O.F.M.) ผู้แทนพระสันตะปาปาประจำอินโดจีนได้มาเยี่ยมและตรวจการมิสซังสยาม และได้มาตรวจการ ณ อารามสามเสน
ท่านได้ทำเอกสารเกี่ยวกับการดำเนินงานของอารามพระหฤทัยที่สามเสนนี้ ยื่นต่อพระคุณเจ้าแปร์รอ ส ฉบับที่หนึ่งลงวันที่ 6 มีนาคม 1930 ซึ่งทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงการปกครองที่ชัดเจนขึ้น กล่าวคือ ให้พระสังฆราชจัดการอย่างเร่งด่วน เพื่อให้คณะรักกางเขนที่สามเสน ได้ขึ้นต่อมิสซังโดยตรง และย้ายออกจากบ ริเวณวัดสามเสน คณะจะได้ขยายออกไปและเป็นประโยชน์มากขึ้นต่อพระศาสนจักรโดยส่วนรวมดังนั้นในปี 1931 (พ.ศ. 2474) สมาชิกของคณะได้ย้ายจากอารามสามเสนไปอยู่คลองเตย โดยที่อารามยังก่อสร้างไม่เสร็จ
ต่อมาใน วันที่ 25 กันยายน ค.ศ. 1932 (พ.ศ. 2475) พระสังฆราชเรอเน แปร์รอส ได้กระทำพิธีเสกอารามพระหฤทัย ที่คลองเตย ซึ่งเป็นตึก 3 ชั้น ในระยะแรก ๆ นี้ ไม่มีพระสงฆ์ประจำอยู่ที่อารามเหมือนที่สามเสน แต่มีพระสงฆ์ไปถวายมิสซาและโปรดบาปแก่ภคินี คุณพ่อแปรูดง เจ้าอาวาสวัดอัสสัมชัญเป็นพระสงฆ์ผู้ฟังแก้บาปของภคินี
ปี ค.ศ. 1942 คุณแม่เอลีซาแบ๊ธ ธานี บุญคั้นผล ได้รับเลือกตั้งให้ดำรงตำแหน่ง มหาธิการิณีคนไทยคนแรก ต่อมาในปี ค.ศ. 1945 คุณแม่ได้ลาออกจากตำแหน่ง ดังนั้นคุณแม่เซราฟิน เดอ มารีจึงปกครองคณะต่อไป และในปี ค. ศ.1951 พระสังฆราช หลุยส์ โชแรง ได้จัดให้มีการเลือกตั้งอธิการิณีสูงสุดของคณะ คุณแม่เอลีซาแบ๊ธ จึงได้รับเลือกเป็น คุณแม่มหาธิการิณีอีกครั้งหนึ่ง
ปี ค.ศ. 1952 (พ.ศ. 2495) คุณพ่อมอรีส ยอลี ได้มาเป็นพระสงฆ์วิญญาณารักษ์ของภคินีประจำอารามพระหฤทัย และท่านได้รับมอบหมายจาก ฯพณฯ พระสังฆราช หลุยส์ โชแรง ให้เ ป็นผู้เรียบเรียงพระวินัยของคณะ เพื่อขอการได้รับรองเป็นทางการจากพระศาสนจักร ในวันที่ 5 สิงหาคม ค.ศ. 1952 คุณแม่เซราฟิน ได้สิ้นใจอย่างสงบท่ามกลางพวกลูกๆของท่าน ที่อารามพระหฤทัยฯ รวมอายุของท่าน 79 ปี ท่านได้อยู่กับภคินีพระหฤทัยฯ ตลอดระยะเวลา 50 ปีเต็ม
อนึ่งในปีนี้ (1952) เปิดบ้านภคินี 4 แห่งคือ วัดเซนต์นิโคลาส จ.พิษณุโลก เปิ ดเป็นครั้งที่ 2 (ครั้งแรกปิดสมัยอินโดจีน) ได้ทำและปิดบ้านภคินีอีกครั้งหนึ่ง เมื่อค.ศ. 1969 /2512 เปิดงานแพร่ธรรมที่ วัดแม่พระประจักษ์ที่ลูร์ด จ.ลำปาง และโรงเรียนอรุโณทัย สอนชั้น ป.1 – ม.6 ต่อมาคณะได้รับโอน จากสังฆมณฑลเชียงใหม่ให้เป็นผู้ดำเนินกิจการของโรงเรียน เมื่อปี ค.ศ. 1971 /2514 โดย พระสังฆราชลูเซียนลากอสต์ ประมุขสังฆมณฑลเชียงใหม่ (ที่สุดคณะได้คืนโรงเรียนอรุโณทัยให้แก่สังฆมณฑลเชียงใหม่ ในวันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ. 1995 / 2538) วัดนักบุญยอแซฟกรรมกร ตรอกจันทน์ กรุงเทพฯ และ วัดบางเชือกหนัง อ.ตลิ่งชัน กรุงเทพฯ
ปี ค.ศ. 1954 (พ.ศ. 2497) คุณแม่แบร์นาแด็ต บุญคั้นผล ได้รับเลือกตั้งเป็นมหาธิการิณีของคณะ ซึ่งมีวาระ 3 ปี และมีการท ดลองใช้พระวินัยฉบับที่คุณพ่อมอรีส ยอลี ร่างขึ้น
ปี ค.ศ. 1956 (พ.ศ. 2499) ภคินีทั้งคณะได้เปลี่ยนเครื่องแบบจากสีดำเป็นสีขาว และเปลี่ยนรูปแบบของเครื่องแบบด้วย ภคินีแต่ละรูปได้รับร่างพระวินัย ซึ่งคุณพ่อมอรีส ยอลี เรียบเรียงขึ้น เพื่อศึกษ าและเริ่มปฏิบัติตามอย่างจริงจัง เป็นต้นในเรื่องการปฏิบัติความยากจน ระเบียบการเกี่ยวกับระยะเวลาที่ภคินีออกไปช่วยตามวัดว่ามีกำหนดนานไม่เกิน 6-9 ปี ซึ่งแต่เดิมไม่มีกำหนดเวลาแน่นอน
ปี ค.ศ. 1957 ( พ.ศ. 2500) คุณแม่แบร์นาแด๊ต ได้จัดให้มีการฉลองอารามพระหฤทัยครบ 25 ปี(ของการเสกอาคาร) ในวันที่ 1-3 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1957 และ ในวันที่ 25 สิงหาคม ค.ศ. 1957 พระสังฆราชหลุยส์ โชแรง ได้ประกาศรับรองคณะเป็นทางการในนามของพระศาสนจักรโดยมอบนามแก่คณะว่า “คณะภคินีพระหฤทัยแห่งกรุงเทพฯ” และมอบพระวินัยแก่ภคินี เพื่อเป็นหลักปฏิบัติในการดำเนินชีวิตนัก บวชของคณะนี้ตลอดไป นับเป็นการเปิดศักราชใหม่แห่งการเป็นคณะนักบวชที่สมบูรณ์ของพระศาสนจักร ซึ่งถือเป็นเหตุการณ์สำคัญที่สุดอย่างหนึ่งของคณะและในวันที่ 15 ธันวาคม ค.ศ. 1957 (2500) คุณแม่แบร์ นาแด็ต บุญคั้นผล ได้รับเลือกตั้งเป็นมหาธิการิณีของคณะสมัยที่ 2 ซึ่งมีวาระ 6 ปี
ปี ค.ศ. 1963 (พ.ศ. 2507) คุณแม่แบร์นาแด็ต บุญคั้นผล ได้รับเลือกให้เป็นคุณแม่มหาธิการิณีของคณะ
ปี ค.ศ. 1967 (พ.ศ. 2510) คุณแม่แบร์นาแด็ตได้รับเลือกให้เป็นผู้แทนคณะนักบวชหญิง ที่มีกำเนิดในประเทศไทยเข้าร่วมประชุม สหพันธ์มหาธิการิณีที่โรม หลังจากกลับจากประชุมจึงได้ตั้งคณะอนุกรรมการขึ้นเพื่อศึกษาและทำ การร่างพระธรรมวินัยของคณะขึ้นใหม่โดยมีซิสเตอร์ซีดอนี บรรจง เป็นประธานคณะอนุกรรมการ
ปี ค.ศ. 1969 (พ.ศ. 2512) คุณแม่แบร์นาแด็ต จัดให้มีประชุมสมัชชาวิสามัญครั้งแรก (25 สิงหาคม – 4 กันยายน 1969) เพื่อพิจารณาและรับรองร่างธรรมวินัยของคณะฉบับใหม่ ซึ่งประกอบด้วยภาคธรรมวินัยและธรรมวินัยปฏิบัติ และได้รับอนุมัติให้นำมาทดลองใช้จนถึงการประชุมสมัชชาวิสามัญ ซึ่งจะต้องจัดขึ้นอีกภายใน 3 ปีข้างหน้า
และในวันที่ 15 ธันวาคม 1969 คุณแม่ซีดอนี วราภรณ์ บรรจงได้รับเลือกการเลือกตั้งมหาธิการิณีของคณะ ในช่วงนี้ มีการตื่นตัวในด้านการศึกษา ทั้งในด้านวิชาสามัญ ด้านพระธรรมคำสอน และด้านชีวิตนักบวช คณะได้มีก ารเจริญเติบโต เป็นลำดับทั้งในด้านจำนวนสมาชิก และงานแพร่ธรรม จนกระทั้งในวันที่ 4 กรกฎาคม ค.ศ.1973 (พ.ศ. 2516)
คุณแม่ซีดอนี บรรจง มหาธิการิณีถึงแก่มรณภาพ เนื่องจากประสบอุบัติเหตุทางรถยนต์ขณะเดินทางไปตรวจการ บ้านภคินีทางภาคเหนือ ดังนั้นในวันที่ 8 ธันวาคม ค.ศ. 1973 (พ.ศ. 2516) คุณแม่กัลลิสต์ ธีรา มากสกุล ได้รับเลือกตั้งเป็น มหาธิการิณีของคณะ
ปี ค.ศ. 1979 (พ.ศ. 2522) คุณแม่กัลลิสต์ มากสกุลได้รับเลือกตั้งให้เป็นมหาธิการิณีของคณะ เป็นสมัยที่ 2
ปี ค.ศ. 1982 (พ.ศ. 2525) คุณแม่กัลลิสต์ ได้จัดให้มีการประชุมสมัชชาวิสามัญ เกี่ยวกับการปรับปรุงธรรมวินัยของคณะ ฉบับสมัชชาปี 1972 ประชุมครั้งแรกในวันที่ 1-13 เมษายน ค.ศ. 1982 ทำสำเร็จธรรมวินัยภาคต้น เกี่ยวกับ ลักษณะ จิตตารมณ์ และจุดประสงค์ของคณะ ชีวิตแห่งการปฏิญาณตน 3 ประการ ชีวิตร่วม ชีวิตภายใน และชีวิตแพร่ธรรม ซึ่งได้รับอนุมัติให้ใช้เป็นคู่มือการดำเนินชีวิตของสมาชิกของคณะจาก ฯพณฯพระอัครสังฆราช มีชัย กิจบุญชู ประมุขแ ห่งอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ สำหรับธรรมวินัยภาคที่สองและที่สามยังมีโครงการที่จะจัดทำต่อไป เพื่อให้สำเร็จสมบูรณ์ ในการปรับปรุงแก้ไขธรรมวินัยของคณะเพื่อภคินีพระหฤทัยจะค่อย ๆ เจริญเติบโต และพร้อมที่จะพัฒนาต่อไปตามเป้าหม ายของผู้ตั้งคณะ และตามความต้องการของพระศาสนจักรเสมอ
ในปีเดียวกันนี้ คณะได้สร้างอาคารเรียนแทนอาคารเรือนไม้ 2 ชั้น มีชื่อ “ตึกสุวรรณสมโภช ร.ศ. 200” มีพิธีเปิดและเสกอาคารในวันที่ 3 ธันวาคม ค.ศ. 1982 โดย พระอัครสังฆราช มีชัย กิจบุญชู พร้อมทั้งฉลองสุวรรณสมโภชการก่อตั้งอารามพระหฤทัยที่คลองเตย และหิรัญสมโภชการสถาปนาคณะภคินีพระหฤทัยแห่งกรุงเทพฯ (3-4 ธันวาคม ค.ศ. 1982)
ปี ค.ศ. 1985 (พ.ศ. 2528) พระอัครสังฆราช มีชัย กิจบุญชู ประมุขแห่งอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ ได้รับรองและอนุมัติให้ธรรมวินัยฉบั บสมัชชาใหญ่วิสามัญ 1984 เป็นแนวทางการดำเนินชีวิตของคณะภคินี และยังใช้อยู่จนปัจจุบัน (รับรองและอนุมัติเดือนมีนาคม ค.ศ. 1985)
ในเดือนธันวาคม ปี ค.ศ. 1985 คุณแม่มารีอา สมพิศ กตัญญู ได้รับเลือกตั้งเป็นมหาธิการิณีของคณะ นับเป็นมหาธิการิณีคนไทยคนที่ 5 ดำรงตำแหน่งวาระละ 5 ปี ตามธรรมวินัยที่ปรับปรุงใหม่ ท่านเป็นผู้มีวิสัยทัศน์กว้า งไกลในด้านการศึกษา พัฒนาการศึกษาของสมาชิก ให้มีความรู้ในด้านงานโรงเรียน งานแพร่ธรรม งานแม่บ้าน และงานสังคมสงเคราะห์ ทั้งนี้เพื่อสมาชิกจะได้สามารถตอบสนองความต้องการของพระศาสนจักรตามหน้าที่ที่ได้รับมอบหมา ยอย่างมีประสิทธิภาพ ท่านยังตระหนักถึงความสำคัญของชีวิตนักบวชในด้านการอบรม ดังนั้น ในปี ค.ศ.1990 ท่านได้จัดสร้างและย้ายนวกสถานจากบ้านศูนย์กลางคณะไปที่อำเภอปากเกร็ด จังหวัดนนทบุรี นอกนั้น ท่านยังได้จัดให้มีการศึ กษาเกี่ยวกับพระพรพิเศษ จิตตารมณ์ และภารกิจของคณะในสมัชชาสามัญปี ค.ศ. 1990
ปี ค.ศ. 1990 (พ.ศ. 2533) คุณแม่กัลลิสต์ ธีรา มากสกุล ได้รับเลือกตั้งเป็นมหาธิการิณี สมัยที่ 3 ท่านได้ดำเนินนโยบายต่อเนื่ องในการอบรมฟื้นฟูจิตใจสมาชิกในด้านชีวิตนักบวช ท่านยังให้การสนับสนุนส่งเสริมด้านการศึกษาแก่สมาชิก ซึ่งเป็นเรื่องจำเป็นในการร่วมมือกับพระศาสนจักรในงานแพร่ธรรมด้านต่าง ๆ
ปี ค.ศ. 1995 (พ.ศ. 2538) คุณแม่มารีอา เชลียง เวชยันต์ ได้รับเลือกตั้งเป็นมหาธิการิณี ท่านได้พยายามประสานนโยบายของคณะต่อจากผู้ปกครองคนก่อนๆ รวมทั้งตอบสนองมติของที่ประชุมสมัชชาใหญ่ของคณะปี ค.ศ. 1995 โดยมุ่งเน้นงานด้านการอบรมชีวิตนักบวช การเสริมสร้างดุลยภาพชีวิตให้กับสมาชิก ตลอดจนการสร้างความตระหนักให้สมาชิกพร้อมอุทิศในการรับใช้ประชากรของพระเจ้าในภารกิจของคณะและในการเป็นประจักษ์พยานด้วยชีวิต ดัง นั้นในช่วงนี้คณะจึงได้เปิดบ้านอบรมและย้ายนวกสถานพระหฤทัยมาที่สามพราน จ.นครปฐม
ปี ค.ศ. 1999 (พ.ศ. 2542) คณะจัดงานเปิดการเฉลิมฉลองครบรอบ 100 ปีของคณะ โดยใช้ชื่อว่า “หนึ่งศตวรรษในอ้อมหัตถ์พระหฤทัย” ในวันที่ 27 พฤศจิกายน 1999 ได้มีกิจกรรมต่าง ๆ ที่จัดในช่วงปี 1999-2000 เน้นการฟื้นฟูข องสมาชิก และการฟื้นฟูจิตตารมณ์ในการแพร่ธรรม และในวันที่ 8 กรกฎาคม ปี 1999 ฝ่ายแพร่ธรรมของคณะ ได้จัดกิจกรรม “เต็มตื้น กตัญญู เชิดชูบรรพชน” เพื่อรำลึกถึงคณะนักบวชที่มีพระคุณต่อคณะพระหฤทัยฯ อันไดแก่ คณะสงฆ์มิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส และคณะเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร
ปี ค.ศ. 2000 (พ.ศ. 2543) คุณแม่มารีอา อังเยลา พรรณี ภู่เรือนหงษ์ ได้รับการเลือกตั้งเป็นมหาธิการิณี ภายหลังจากที่คณะมีการประชุมสมัชชาใหญ่สามัญ ในหัวข้อ “พันธกิจแห่งรักและรับใช้ของคณะพระหฤทัยฯ ในส หัสวรรษที่สาม” และในวันที่ 27 มกราคม ค.ศ. 2001 ทางคณะได้จัดพิธีเฉลิมฉลอง “หนึ่งศตวรรษในอ้อมหัตถ์พระหฤทั ย” ในช่วงสมัยนี้ ได้มีการพัฒนาด้านต่างๆ อย่างต่อเนื่องและเป็นระบบ โดยเฉพาะการฟื้นฟูด้านชีวิตนักบวชให้กับสมาชิก การศึกษาดูงานด้านคริสตชนกลุ่มย่อย (BEC) และการคำสอนผู้ใหญ่ที่ต่างประเทศ พัฒนางานจิตตาภิบาลในโรงเรียน ตลอดจนพัฒนาสมาชิกให้มีความรู้ความสามารถในด้านการบริหารจัดการ โดยการเข้ารับการศึกษาในระดับที่สูงขึ้น พร้อม ทั้งพัฒนางานด้านแม่บ้านให้มีประสิทธิภาพ
ปี ค.ศ. 2005 (พ.ศ. 2548) คุณแม่มารีอาเชลียงเวชยันต์ได้รับเลือกตั้งเป็นมหาธิการิณี สมัยที่ 2 ภายหลังจากจบการประชุมสมัชชาใหญ่สามัญครั้งที่ 10 ภายใต้หัวข้อ “ประกาศข่าวดีด้วยใจ ดั่งพระทัยพระเยซู” คณะได้พัฒนา อบรมและฟื้นฟูชีวิตและพันธกิจของสมาชิกต ามจิตตารมณ์พระหฤทัยพระเยซูเจ้า โดยเน้นให้สมาชิกรักในการประกาศข่าวดีเยี่ยงองค์พระเยซูคริสตเจ้า
ปี ค.ศ. 2007 (พ.ศ. 2550) คณะได้จัดการฉลอง 50 ปี ปิติพร ในวันที่ 20 ตุลาคม 2005 (พ.ศ. 2548)โอกาสที่คณะได้รับการรับรองอย่างเป็นทางการจากพระศาสนจักรมาเป็นเวลา 50 ปี
ปี ค.ศ. 2010 (พ.ศ. 2553) คุณแม่มารีอาเชลียง เวชยันต์ ได้รับเลือกตั้งให้ดำรงตำแหน่งมหาธิการิณีต่อเป็นสมัยที่ 3
จวบจนปัจจุบัน กว่าหนึ่งศตวรรษ คณะได้มีการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงมากมาย โดยการนำของมหาธิการิณ ีและคณะที่ปรึกษาชุดต่างๆ ที่ผลัดเปลี่ยนกันเข้ามาทำหน้าที่ ทั้งนี้เพื่อให้คณะได้สามารถดำเนินชีวิตเป็นประจักษ์พยานถึงความรักของพระคริสตเจ้า ด้วยการดำเนินชีวิตและประกอบพันธกิจตามจิตตารมณ์พระหฤทัยอย่างแท้จริ ง กล่าวคือดำเนินชีวิตด้วยความรัก สุภาพ ใจอ่อนน้อม พร้อมที่จะน้อมรับทุกสิ่งเป็นพลีบูชาเพื่อความรอดของเพื่อนมนุษย์ พยายามทำให้งานแพร่ธรรมของคณะตอบสนองต่อความต้องการของพระศาสนจักรท้องถิ่นได้อย่า งกว้างขวางและมีประสิทธิผล เป็นต้นในงานด้านการสอนคำสอน งานด้านการศึกษา งานด้านแม่บ้าน และงานด้านสังคมพัฒนา ตลอดจนงานอื่นๆที่เห็นว่าเป็นประโยชน์ต่อพระศาสนจักร ทั้งนี้เพื่อพระเกียรติมงคลของเจ้าแล ะเพื่อให้พระอาณาจักรของพระเจ้าเป็นที่รู้จัก
ปัจจุบันคณะรับใช้พระศาสนจักรท้องถิ่นในประเทศไทยใน 4 สังฆมณฑล คืออัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ สังฆมณฑลราชบุรี สังฆมณฑลน ครสวรรค์ และ สังฆมณฑลเชียงใหม่